超融合服务器虽然具备一体化、易扩展等优势，但也存在技术门槛、性能瓶颈、成本陷阱等明显缺点，具体如下：
- 对软件和运维能力要求高
超融合架构的核心是软件定义技术，其稳定性和性能高度依赖虚拟化、分布式存储软件的优化。如果企业缺乏熟悉 HCI 架构、分布式存储（如 Ceph、VSAN）的专业运维人员，很难排查节点故障、存储性能下降等问题；且不同厂商的超融合软件兼容性差异大，后期更换厂商的迁移成本极高。
- 高性能场景下存在瓶颈
分布式存储的读写效率受限于节点间的网络带宽，当多节点同时进行大量数据交互时，容易出现网络拥塞，导致 IO 性能下降；相比传统架构中专用的高性能存储阵列，超融合服务器在处理高并发、低延迟的核心业务（如大型数据库、高频交易系统）时，性能表现往往不足。
- 隐性成本容易被忽视
虽然初期硬件采购成本低于传统架构，但后期隐性成本较高：一是软件授权费，主流超融合厂商的虚拟化、分布式存储软件多按节点或容量收费，扩容节点时授权费同步增加；二是网络升级成本，为保障节点间数据传输效率，通常需要配置万兆甚至更高带宽的交换机，这会增加额外投入；三是能耗成本，超融合集群需保持多节点同时运行，整体功耗高于同等算力的传统服务器。
- 小规模部署性价比低
超融合架构的优势需要多节点集群才能体现（通常至少 3 个节点才能实现数据多副本冗余），如果企业仅部署 1-2 个节点，不仅无法发挥高可用、资源池化的作用，还会因为软件授权、硬件配置等成本，导致性价比远低于单台传统服务器。
- 故障影响范围更广
传统架构中计算、存储、网络硬件相互独立，某一组件故障不会牵连其他模块；而超融合服务器的节点是 “计算 + 存储” 的一体化单元，若集群核心节点出现故障，或管理平台宕机，可能直接影响多个业务系统的运行，故障的连锁反应更明显。